L'aquagym se pratique en petite profondeur, généralement avec de l'eau à hauteur de poitrine, les pieds au sol. C'est ce qui la distingue des autres activités aquatiques : nul besoin de savoir nager, et l'appui plantaire permet des mouvements précis que l'on ne pourrait pas tenir en eau profonde.
Deux propriétés physiques font tout le travail. La poussée d'Archimède allège le corps : immergé jusqu'à la taille, un pratiquant ne supporte plus que la moitié environ de son poids, et au niveau des épaules, à peine un dixième. Les articulations, genoux et hanches en particulier, cessent d'encaisser les chocs. Dans le même temps, l'eau étant près de huit cents fois plus dense que l'air, chaque geste rencontre une résistance qui croît avec le carré de la vitesse : accélérer un mouvement suffit à le durcir, sans ajouter le moindre poids. Ces deux effets jouent en sens inverse, allègement d'un côté, freinage de l'autre, et c'est leur combinaison qui explique l'intérêt de la discipline pour les personnes en surpoids, en convalescence ou simplement usées par les impacts de la course à pied.
Une séance dure de quarante-cinq minutes à une heure, musique à l'appui. Elle s'ouvre sur un échauffement en marche et en déplacements latéraux, enchaîne des séries pour les cuisses, les fessiers, les abdominaux et le haut du corps, puis se termine par des étirements et un retour au calme. Le matériel se limite à quelques accessoires : haltères en mousse, frites, planches, plaques de résistance, parfois des gants palmés.
L'eau conduit la chaleur bien plus vite que l'air, ce qui explique deux sensations trompeuses. On ne se sent pas transpirer, donc on croit ne pas avoir travaillé, alors que la dépense énergétique d'une séance soutenue est comparable à celle d'un cours à sec. Et l'on se refroidit vite dès que l'intensité baisse : un bassin d'aquagym est pour cette raison chauffé un peu plus qu'un bassin de nage, autour de vingt-huit à trente degrés.